Ναι βέβαια μπορεί να χρησιμοποιηθεί το ίδιο /home. Αλλά αν κατάλαβα καλά θες να το αντιγράψεις στον νέο δίσκο, όχι να χρησιμοποιήσεις το παλιό partition.
Οπότε κάνε μια κανονική εγκατάσταση στο δεύτερο δίσκο χωρίς να χρησιμοποιήσεις πουθενά τερματικό, και αφού τελειώσει, βάλε και τον παλιό δίσκο επάνω και αντέγραψε το παλιό /home όπως θες, rsync, mv, cp -a, sudo nautilus... και στο τέλος από τα sch-scripts κάνε εισαγωγή χρηστών από passwd.